Panji Gumilang sering kali menjadi pusat perhatian masyarakat Muslim karena mendirikan pesantren yang spektakuler. Ia telah dituduh oleh sebagian kalangan Muslim menyebarkan ajaran yang menyimpang di pesantren tersebut. Namun, setelah dilakukan investigasi oleh pihak berwenang dan Badan Penelitian Departemen Agama RI, disimpulkan bahwa tidak ada penyimpangan dalam ajaran Islam di Pesantren Al-Zaytun, baik dalam hal akidah maupun praktik keagamaan.
Saat ini, nama Panji Gumilang menjadi topik pembicaraan publik. Hal ini terjadi setelah video viral di media sosial yang menampilkan Panji Gumilang marah dan menghardik seorang anggota polisi. Dalam video tersebut, terlihat Panji Gumilang, pemimpin Pondok Pesantren Al Zaytun, mengenakan kemeja dan kopiah berwarna hitam, memarahi anggota polisi.
